Алексей Ботян встретил Вторую мировую 1 сентября 1939 года. Сражался в рядах польской армии в составе зенитного расчета. Свой боевой счет открыл в первый же день войны, сбив гитлеровский «Юнкерс». При обороне Варшавы довел их число до трех.
Потом Польша капитулировала, воинская часть, в которой он служил, сдалась Красной армии, освобождавшей ранее оккупированные поляками западные территории Белоруссии и Украины, чтобы эти земли не достались фашистам. Так Ботян стал советским гражданином.
С началом Великой Отечественной войны его зачислили в разведывательную школу в составе ОМСБОНа (отдельной мотострелковой бригады особого назначения), где он прошел подготовку к заброске на временно оккупированную фашистами территорию. Учился полтора года, в качестве практических занятий в период битвы за Москву проходил боевую практику, участвуя в рейдах по тылам противника в Подмосковье.
В 1943 году в составе разведывательно-диверсионного отряда «Олимп» под командованием капитана госбезопасности Виктора Карасева Ботяна направили в район украинского города Овруч Житомирской области.
В сентябре 1943-го под непосредственным руководством Ботяна прошла операция по взрыву Овручского гебитскомиссариата (областной администрации) в тот момент, когда там собрались представители инспекции и матерые спецы по борьбе с партизанами, прибывшие из Германии. Погибло около 80 гитлеровских офицеров.
В январе 1945 года «лейтенант Алеша» (так называли Ботяна местные жители) совершил то, что он считает главным достижением своей жизни. Ему удалось узнать о замысле фашистов подорвать плотину водохранилища на реке Дунаец. Разлившаяся вода должна была остановить наступление советских войск. При этом под угрозой затопления оказывался польский город Краков. Группа Ботяна сумела заминировать склад взрывчатки и боеприпасов, расположенный в Ягеллонском замке, и планы гитлеровцев вместе с его подрывом были в буквальном смысле развеяны в воздухе.
После войны Алексей Ботян остался работать во внешней разведке в качестве разведчика-нелегала. Позже помогал создавать спецназ внешней разведки КГБ СССР «Вымпел». Десятого мая 2007 года указом президента России полковнику в отставке Алексею Ботяну за операцию по спасению Кракова было присвоено звание Героя России.
